Specifieke oorzaken veroorzaken ongeveer 5% van alle rugpijn klachten. Het is belangrijk om deze te herkennen, omdat dit ziekten zijn waaraan iets gedaan kan of moet worden. Het gaat daarbij om hernia(hnp), vernauwing van het wervelkanaal met neurologische uitval, tumoren en ontstekingen van de wervels, wervelfracturen, ziekte van Bechterew of afgegleden wervels.

Aspecifieke lage rugpijn is een verzamelnaam voor een aantal moeilijk uit elkaar te houden aandoeningen van de rug. Het NHG heeft besloten dat het niet zinvol is voor huisartsen om hier een nauwkeuriger diagnose te stellen, omdat er geen verschil is in behandeling. Belangrijk is of de rugpijn kort of reeds lang bestaat.